歯科医院の年末調整｜対象になるスタッフ・ならないスタッフ、集める申告書、令和8年分の改正（基礎控除の引上げなど）、源泉徴収票の期限を国税庁の資料で確認

年末調整は、医院（給与の支払者）が、スタッフの1年分の所得税を12月に計算し直して、毎月の給与から差し引いてきた税額との過不足を精算する手続きです（所得税法第190条）。 令和8年分の年末調整では、令和8年12月1日に施行された基礎控除の引上げなどの改正が関わります。 この記事では、年末調整の流れを、所得税法の条文と国税庁の資料にもとづいて整理します。 控除の金額や表は国税庁の資料に載っているので、この記事では金額を書かずに、どの資料のどこを見るかを案内します。 スタッフ一人ひとりの控除が合っているか、医院の計算が合っているかの判断はしていません。

年末調整とは

医院は、毎月の給与を払うときに、源泉徴収税額表を使って所得税を差し引き、国に納めています。 国税庁の「令和8年分 年末調整のしかた」では、この1年間の合計は、その人が1年分として納める税額と、ふつうは一致しないと説明しています。 理由として、次のようなものが挙げられています。

• 源泉徴収税額表は、1年を通じて給与の額が変わらないものとして作られているが、実際は年の途中で給与の額が変わる
• 年の途中で扶養する親族の数が変わっても、さかのぼって各月の税額を直さない
• 生命保険料や地震保険料の控除は、年末調整のときに差し引くことになっている

このずれを、1年間の給与の総額が決まる年末に精算する手続きが、年末調整です。 差し引きすぎていれば本人に返し（第191条）、足りなければ本人から差し引いて国に納めます（第192条）。

対象になるスタッフ・ならないスタッフ

年末調整は、原則として、医院に扶養控除等申告書（「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」）を出している人の全員について行います。 「令和8年分 年末調整のしかた」の表をもとに、歯科医院に関わりそうなところを並べます。

対象になる人

• 1年を通じて勤めている人
• 年の途中で就職し、年末まで勤めている人
• 年の途中で退職した人のうち、次の人
  • 死亡により退職した人
  • 著しい心身の障害のため退職した人で、その時期からみて本年中に再就職できないと見込まれる人
  • 12月に支給期が来る給与を受けたあとに退職した人
  • パートタイマーなどで、本年中に受ける給与の総額が一定の額以下の人（退職後、本年中に他の勤務先から給与を受けると見込まれる人を除く）
• 年の途中で、海外勤務などのため非居住者になった人

対象にならない人

• 本年中の主たる給与の収入金額が一定の額を超える人
• 2か所以上から給与を受けている人で、ほかの給与の支払者に扶養控除等申告書を出している人や、年末調整を行うときまでに扶養控除等申告書を出していない人（源泉徴収税額表の乙欄を使う人）
• 年の途中で退職した人で、上の「対象になる人」に当たらない人
• 非居住者
• 継続して同じ雇用主に雇われない、いわゆる日雇いの人（日額表の丙欄を使う人）
• 災害で被害を受けて、その年の給与の所得税の徴収猶予や還付を受けた人

金額の線は、「令和8年分 年末調整のしかた」の5ページの表にあります。

掛け持ちのスタッフ

歯科衛生士などが、ほかの医院と掛け持ちで働いていることがあります。 扶養控除等申告書は、給与を受ける先が2つ以上ある場合、主たる給与の支払者に出すことになっています（所得税法第194条第1項）。 国税庁の表では、ほかの給与の支払者に扶養控除等申告書を出している人は、年末調整の対象になりません。 扶養控除等申告書が自院に出ているかどうかで、自院で年末調整をするかが分かれます。

国税庁の資料では、年末調整の対象にならない人は、自分で確定申告をして税額を精算することになるので、期限までに確定申告書を出すよう伝えることとされています。 また、1か所から給与を受ける人で、年末調整を行うときまでに扶養控除等申告書を出していない人には、出すよう伝えることとされています。

年末調整を行う時

年末調整は、その年の最後に給与を払うときに行います（第190条）。 ふつうは12月の給与のときです。 12月に賞与と普通の給与を払い、賞与を先に払う場合は、賞与を払うときに年末調整をしてもよいとされています。 このときは、あとで払う普通の給与の見積額を加えて計算し、実際の額が見積額と違ったら、やり直します。

年の途中で退職した人のうち年末調整の対象になる人は、退職のときに行います。 海外勤務などで非居住者になった人は、非居住者になったときに行います。

令和8年分で変わった点

国税庁の「令和8年分 年末調整のしかた」は、「昨年と比べて変わった点」として、次の4つを挙げています。

1. 基礎控除の引上げ（合計所得金額に応じて引き上げ）
2. 給与所得控除の最低保障額の引上げ
3. 扶養親族等の所得要件の改正（扶養控除などの対象になる親族の所得の線の引上げ）
4. 年齢23歳未満の扶養親族を有する場合の生命保険料控除の特例の創設

1から3は、原則として令和8年12月1日に施行され、令和8年分の所得税から適用されます。 改正後の金額は、「令和8年分 年末調整のしかた」の3ページと4ページの表にあります。

11月までの給与は変わらない

国税庁のQ&A（Q1-1）では、令和8年11月までの給与の源泉徴収事務には変更が生じないとされています。 12月に行う年末調整で、引上げ後の基礎控除額と、改正後の「年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」をもとに1年分の税額を計算し、改正前の源泉徴収税額表で差し引いてきた税額と精算します。 改正後の表は、「令和8年分 年末調整のしかた」の47ページから54ページに載っています。

改正後の「源泉徴収税額表」を使うのは、令和9年1月1日以後に払う給与からです。

11月30日以前に最後の給与を払った人

国税庁のQ&A（Q1-3）では、令和8年分の最後の給与を11月30日以前に払った人の年末調整には、改正後の基礎控除などは適用されないとされています。 その人が改正後の控除を受けるには、確定申告などをすることになります。 年の途中で死亡により退職した人や、海外勤務で非居住者になった人などが当たります。

扶養控除等申告書を出し直す人

扶養親族等の所得要件が変わったことで、新たに扶養控除などの対象になる親族がいるスタッフは、そのことを書いた扶養控除等申告書を出すことになります（Q&A の Q2-1）。 国税庁のQ&Aでは、このとき、扶養控除等申告書の「異動月日及び事由」欄に「令和８年12月１日 改正」などと書くよう案内しています。 11月30日以前に払う給与の源泉徴収では、この改正で新たに対象になった親族を「扶養親族等の数」に入れないよう注意することとされています。

申告書を受け取る時期

国税庁のQ&A（Q1-2）では、例年11月から申告書を集めている勤務先について、改正を反映した年末調整の申告書を12月1日より前から受け取っても差し支えないとされています。 国税庁の資料では、令和8年分の扶養控除等申告書の様式の裏面の注意事項が、改正前の内容になっている場合があるとも書かれています（Q2-1）。

スタッフから集める申告書

年末調整で控除を受けるために、スタッフは次の申告書を医院に出します。 医院は、出された申告書の内容を確かめて計算に使います。

このほか、所得金額調整控除の申告書と、住宅借入金等特別控除の申告書があります。 国税庁の「令和8年分 年末調整のしかた」では、基礎控除申告書・配偶者控除等申告書・特定親族特別控除申告書・所得金額調整控除申告書をまとめて受け取り、内容を確かめる手順になっています。

令和8年分で気をつける書き方

国税庁のQ&Aでは、次の点に気をつけるよう案内しています。

• 基礎控除申告書には、合計所得金額に応じた改正後の基礎控除額を書く（Q2-2）
• 配偶者控除等申告書は、配偶者に給与所得がある場合、改正後の給与所得控除額で計算した合計所得金額に応じて控除額を書く（Q2-3）
• 特定親族特別控除申告書も、特定親族に給与所得がある場合は同じ（Q2-4）

保険料控除申告書で、生命保険料などの控除を受ける場合は、支払ったことを示す書類を出すか見せることになっています（第196条第2項）。 令和8年分は、23歳未満の扶養親族がいる人の一般の生命保険料控除の計算が変わっています。 計算のしかたは、「令和8年分 年末調整のしかた」の4ページにあります。

計算から納付までの流れ

「令和8年分 年末調整のしかた」の7ページでは、年末調整を次の順で行うとしています。

1. 扶養控除等申告書を受け取り、内容を確かめる
2. 基礎控除申告書・配偶者控除等申告書・特定親族特別控除申告書・所得金額調整控除申告書を受け取り、内容を確かめる
3. 保険料控除申告書・住宅借入金等特別控除申告書を受け取り、内容を確かめる
4. 1年分の給与と、差し引いた税額を集計する
5. 給与所得控除後の給与等の金額を求める
6. 課税給与所得金額を計算する
7. 1年分の税額（年調年税額）を計算する
8. 差し引いてきた税額との過不足を精算する
9. 多すぎた分を返し、足りない分を差し引いて納める

多すぎたとき・足りないとき

差し引いてきた税額の合計が年調年税額より多いときは、その差額（過納額）を本人に返します（第191条）。 国税庁のQ&A（Q3-1）では、過納額は、年末調整をした月の分として納める源泉所得税から差し引いて本人に返し、それで返しきれないときは、そのあとに納める分から順に差し引いて返すとされています。 返すことになった日の翌月から2か月を過ぎても返しきれないと見込まれる場合は、所轄の税務署に請求書を出して還付を受けられるとされています。

足りないときは、その年の最後の給与を払うときに差し引き、差し引ききれない分は翌年の給与から順に差し引きます（第192条第1項）。 最後の給与を受ける月の手取りが、それまでの月の手取りに比べて著しく少なくなると認められる場合には、本人が税務署長の承認を受けて、承認された額を翌年の1月と2月に分けて差し引く決まりもあります（第192条第2項）。

納める期限

年末調整をした月の分の源泉所得税は、翌月10日までに納めます。 「令和8年分 年末調整のしかた」の表紙では、令和8年分の年末調整に関わる源泉所得税の納期限を、令和9年1月12日（納期の特例の承認を受けている場合は令和9年1月20日）としています。 納めるときは、精算した額を所得税徴収高計算書（納付書）の「年末調整による超過税額」欄か「年末調整による不足税額」欄に書きます。 過納額を返したため納める税額がない場合でも、所得税徴収高計算書は所轄の税務署に出すこととされています。

年末調整のやり直し

「令和8年分 年末調整のしかた」の43ページでは、年末調整のあとで次のようなことがあったときの扱いを説明しています。

• 本年中に本年分の給与を追加して払うことになった：追加した額を加えて、年末調整をやり直す
• 翌年になって給与が改定され、さかのぼって差額を払う：その差額は改定のあった年の所得になるので、本年分のやり直しは要らない
• 扶養親族等の数が変わった、配偶者や本人の所得の見積額が確定額と違った、生命保険料などを払った、住宅借入金等特別控除の申告書が出された：申告を受けて、やり直すことができる

やり直しができるのは、源泉徴収票を本人に交付することになる翌年1月末日までです。

源泉徴収票と給与支払報告書

本人に渡す源泉徴収票

医院は、給与を払ったすべてのスタッフについて源泉徴収票を作り、翌年1月31日までに本人に渡します（第226条第1項）。 年の途中で退職した人には、退職の日以後1か月以内に渡します。 国税庁のタックスアンサー No.7411 では、税務署への提出の範囲にかかわらず、すべての受給者に交付しなければならないとされています。 本人の承諾を得るなどの条件のもとで、書面の代わりに電磁的方法で渡すこともできます（第226条第4項）。 その場合でも、本人から求めがあれば書面で渡します。

市区町村への給与支払報告書

タックスアンサー No.7411 では、翌年1月1日現在で給与を払っているスタッフの給与支払報告書を、そのスタッフの翌年1月1日現在の住所地の市区町村へ、翌年1月31日までに出すとされています。 年の途中で退職した人は、退職したときの住所地の市区町村に出します。

令和9年1月からの「みなし提出」

タックスアンサー No.7411 では、令和9年1月1日以後に市区町村へ給与支払報告書を出した場合は、源泉徴収票を税務署に出したものとみなされ、税務署に出す分の源泉徴収票を作って出す必要がなくなるとされています。 令和8年分の源泉徴収票は、ふつう令和9年1月に出すものなので、この扱いに関わります。 詳しくは、国税庁の「源泉徴収票のみなし提出の特例 特設ページ」が案内されています。 本人に渡す源泉徴収票は、この扱いのあとも、すべての受給者に渡します。

確かめておきたいこと

制度の決まりから、確かめておきたい点を並べます。

1. スタッフごとに、扶養控除等申告書が自院に出ているか（掛け持ちのスタッフが、どちらの勤務先に出しているか）
2. 年の途中で辞めた人のうち、年末調整の対象になる人とならない人を分けているか
3. 最後の給与を11月30日以前に払った人に、改正後の控除が年末調整では適用されないことを伝えているか
4. 所得要件の改正で新たに扶養の対象になる親族がいるスタッフから、扶養控除等申告書を出し直してもらっているか
5. 基礎控除申告書などの控除額が、改正後の表に合っているか
6. 計算に、令和8年分の「年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」を使っているか
7. 過納額を返し、不足額を差し引いて、納期限までに納めているか
8. 源泉徴収票を翌年1月31日までに本人に渡し、給与支払報告書を市区町村に出しているか

スタッフ一人ひとりが、どの控除を受けられるか、医院の計算が合っているかは、個別の事情によります。 この記事では判断していません。

相談先

年末調整の一般的なしかたは、国税庁の「年末調整がよくわかるページ」や、所轄の税務署で確かめられます。 国税庁は、年末調整の申告書の書き方などに答えるチャットボットも用意しています（「令和8年分 年末調整のしかた」の表紙）。 スタッフ個人の控除や、医院の税額の計算についての個別の相談は、税理士か所轄の税務署にご相談ください。 給与計算のうち、社会保険料や労働時間に関わることは、社会保険労務士か労働基準監督署にご相談ください。